Eines der wichtigsten Organe der EU ist die Kommission. Sie ist Hüterin der Verträge und europäische Exekutive zugleich. Ihre Rolle wird im Verfassungsentwurf eindeutig definiert: "Die Europäische Kommission fördert die allgemeinen europäischen Interessen und ergreift entsprechende Initiativen zu diesem Zweck." Zu ihren Aufgaben zählen u.a. das Ausarbeiten von Gesetzesvorschlägen (als einziges Organ!), die Umsetzung der EU-Politik, Verwaltung von EU-Geldern und Kontrolle der Einhaltung der Europa-Verträge. Unterstützt wird die Kommission durch 36 Generaldirektionen.
Der EG-Vertrag verpflichtet die Kommission dazu, zu prüfen, ob das Europarecht im gesamten Binnenmarkt eingehalten wird. Bei Verstößen ist sie diejenige Stelle, die die betreffenden Staaten ermahnen oder vor dem Europäischen Gerichtshof verklagen muss.